比較的多い先天性の異常で、とくに重大な症状が出ない事もあります。心房中隔に穴が開いている奇形で、心臓の右心房と左心房の間の壁に穴が空いてしまった為に起こる病気です。胎児の時には心臓の右心房と左心房の間の壁に穴が開いて正常な状態では生まれた後で穴は完全に閉じます。

ただ心房中隔欠損症の場合には、成長後も穴（卵円孔）が閉じる事なく残ってしまいます。右心房と左心房の間の穴が開いている以外に心臓に異常がない場合は、血液の流れがあまり負担はない為、大きな障害にならないケースがほとんどです。一般的には無症状で気付かない事もあります。欠損孔が大きいと呼吸器感染を起こす事もあります。生後６ヶ月くらいから呼吸困難や咳などの症状があらわれてきます。

発症しやすい犬の種類は、ポメラニアン、ジャーマン、プードル、コリー、シェットランド、シープドッグ、シェパードによく見られ、メス犬に発生頻度が高い。フィラリアにより起きるケースも関係あります。

このような異常を持つ犬がフィラリアに寄生されたケースで、虫が卵円孔を通じて右心房から左心房に移動し問題を起こす事があります。無症状でもフィラリアに感染してしまいますと、この穴を通じて左心系に進入して末梢の動脈に詰まってしまいます。それにより手または足先が腐敗する事もあるので、フィラリア症を確実に予防しなければなりません。